Bijna vanaf het absolute begin van Pokémon was het duidelijk dat het niet bij 151 Pokémon zou blijven. De legendarische Pokémon Ho-Oh verscheen al in de eerste aflevering van de anime, als onbekende Pokémon. Ook andere Pokémon uit een volgende generatie kwamen voor in de anime: Togepi, Marill, Snubbull, en Donphan zijn hier enkele voorbeelden van. Op 17 juli 1999 kwam de tweede Pokémon film uit: Pokémon the Movie 2000 - The Power of One. Deze ging in première op 21 juli 2000 in Noord-Amerika.

Op 21 november 1999 kwamen de tweede generatie spellen uit in Japan: Pokémon Gold and Silver Versions (Pokémon Goud en Zilver), beide voor de toen nieuwe Game Boy Color. Ditmaal speelden trainers in Johto, waar 100 nieuwe Pokémon wachtten op hen. De nieuwe spellen gaven de spelervaring een enorme boost door vele nieuwe mogelijkheden, waarvan de meest bekende het toevoegen van verschillen in geslacht bij Pokémon, wat er toe leidde dat Pokémon konden worden gekweekt. Een tijdsysteem werd ingevoerd, wat in het spel een dag/nachtritme gaf. Ook werd er een geluksysteem ingevoerd om te bepalen hoe blij een Pokémon was met zijn of haar trainer. Shiny Pokémon (Pokémon met een andere kleur dan normaal) deden ook hun intrede, de meest bekende waarschijnlijk de Rode Gyarados van het Lake of Rage. Trainers konden ook terugkeren naar Kanto, en de gymleiders uit de originele spellen nogmaals uitdagen. Pokémon Gold en Silver kwamen uit in Noord-Amerika op 11 oktober 2000. De anime volgde de spellen, en Ash en zijn vrienden arriveerden in Johto in een aflevering die op tv was in Japan op 14 oktober 1999, en in de VS op 14 oktober 2000. Pokémon 3: The Movie werd uitgebracht in Japan op 8 juli 2000, en in Noord-Amerika op 6 april 2001. Deze film draaide om de legendarische Pokémon Entei.

Zoals het geval was met Pokémon Yellow, werd er een derde versie gemaakt in de Metal generatie, onder de naam Pokémon Crystal (Pokémon Kristal), welke in Japan uitkwam op 14 december 2000, en in Noord-Amerika op 21 juli 2001. Pokémon Crystal had verscheidene veranderingen ten opzichte van Pokémon Gold en Silver. Suicune was de versiemascotte en de plot van het spel draaide om deze Pokémon. Pokémon Crystal was ook het eerste verplaatsbare Pokémonspel dat bewegende animaties had voor elke Pokémon. Trainers in Japan kregen een bijgevoegde bonus door in staat te worden gesteld te ruilen, vechten, en zelfs het bemachtigen van de legendarische Pokémon Celebi door draadloos met behulp van een mobiele telefoon aan te loggen bij het Pokémon Mobile System. Trainers waren ook voor het eerst in staat te kiezen welk geslacht hun karakter had.